install yum

flx analysis 서버에 biopython이 없어서 깔려고 하는데 easy_install도 없고 yum도 없다. 그래서 전부 다 깔아놔야해서..


yum 깔기 : 
http://techtrouts.com/how-to-install-yum-on-red-hat-enterprise-linux-4/
easy_install 깔기 : 
http://www.question-defense.com/2009/03/16/install-easy_install-via-yum-on-linux-centos-server
biopython 깔기 :
http://www.biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html


정리하자면 yum 깔려면 5가지정도의 rpm 패키지를 깐다음에 yum 깔고 update하면 yum 사용가능하고  easy_install 깔려면  yum으로 python-setuptools를 까면되고 그러고 나서 easy_install을 이용해서 biopython을 깐다. 주의 해야 할것은.. python 버젼 확인해야 한다. 보통 biopython은 2.4 이상에서 도는데 위의 것을 python 버젼의 고려 없이 깔고 나면 예전버젼에 다 깔린다. 아.. 2.3 어떻게 제거하지..
그래서 다시 python2.6 버젼에 맞게 easy_install을 깔려면 
http://pypi.python.org/pypi/setuptools 을 참고하는데 여기서 아래 python version 2.6에 맞는 egg를 받아서 prefix로 정확하게 깐다.

blast+ 설치 뒤 DB 땜에 group관리

biopython에 빠져서 blast 모듈도 써볼려는 요량에 hanil 서버에다가 blast를 까는데...

어머.. blast가 변했다.. blast+라고 해서 기존의 blast를 c++를 이용해서 다시 만들고 뭐 이것저것 추가 한거 같은데.. 여튼 역시 프로그램 install은 피곤해.. 

이것 저것 알아보고 한 결과(사실 예전의 blast 까는거 보다 매우 쉽다.).

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/staff/tao/URLAPI/unix_setup.html#3

위의 사이트에 나온데로 하면 local하게 깔수 있고 아니면
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
root 계정에서 rpm -ivh으로 깔면 전부 사용가능하게 깔수 있고 주의 할점은 DB의 위치를 셋팅해햐 하는데 위 웹사이트 나온데요 home 디렉토리에 .ncbirc 를 만들고 db의 위치를 넣어주면 된다.

문제는 db 보통 customize db 아니라면 가장 많이 쓰는게 nr, nt인데(blast+ 패키지 안에 update_blastdb.pl 이용하면 편하게 download 가능) 이게 용량이 많은 관계로 한곳에다가 받아서 여러 사용자가 동시에 사용 가능하게 해야 하는데.. 그룹관리를 전혀 안해본 나로는.. 아.. 해봐야 하는 수 밖에 

http://blog.naver.com/lriml?Redirect=Log&logNo=140090193789

위사이트가 그래도 좀 나와있다. 

그리고.. blast+가 blast 보다 나은점. blast+에서 blastn이 megablast로 되어있는데.. 이또한 기본 blastn과 다른점이 무엇인지 확인해 봐야겠네...... 

linux server

--apache server--

일단 hanil 서버를 관찰 결과를 보자면 fedora 13을 깔았는데 기본적으로 모든 서버가 다 작동 되는걸로 보인다.

apache server의 위치는 /etc/httpd/ 그 안에 conf 폴더가 설정 폴더.

-httpd.conf 파일을 내용: 대부분 주석에 내용으로 파악이 가능. 

httpd.conf 를 수정뒤 syntax error가 없는 지 확인하기 위해서 httpd -t 명령어를 이용하면 된다.

"keepAlive"에 대한 설명 : http://cafe.rootcenter.com/130079030932
"MPM"(multi_processing modules) : perfork, worker, perchild 방식이 있고, 현제 시스템의 방식은 httpd -l 명령어로 확인가능
1. perfork : 응답 프로세스를 미리 띄어 놓고, 클라이언트의 요청이 있을 때 자식 프로세스가 반응할 수 있도록 하는 설정
2. worker : 프로세스 기반의 서버인 prefork와 스레드로 클라이언트 요청에 응답하는 혼합된 스레드 서버.
3. perchild : 고정 프로세스 개수를 설정한 후 각 프로세스는 특정 스레드를 개수만큼 작동시킴.
"Listen" : 웹서버의 서비스 포트로 80 이 기본이며 다른 포트 번호를 사용할 경우  ServerName 지시자에 명시해야 한다.

"ServerAdmin" : 시스템 관리자 Email 주소
"Directory tag:아파치 서버가 접근하는 각 디렉토리에 아떠한 서비스와 기능들을 허용하고 또는 삭제 할 것인가 설정하는 부분
1.options: "indexes" : 웹사이트에 접속했을 때 index.html이 없을 경우 웹서버 스스로 그 디렉토리의 파일들을 보여 줄것이라는 의미, ExecCGI: CGI 스크립트 실행 허용,
SSI 란? http://blog.naver.com/v_kazel_v?Redirect=Log&logNo=110028893616
2.AllowOverride : 웹문서 디렉토리에서 접근 제한 설정 파일인 .htaccess 파일을 작동시킬 것인지 여부를 결정(접근 제한을 위해선 AllowOverride를 All로 설정하고 .htaccess 만들어 놓는다),
3.order : http://blog.naver.com/hkh119?Redirect=Log&logNo=120021176586
"UserDir" : 루트 이외의 다른 계정으로 홈페이지를 운영하고자 할때 사용자의 웹문서 기본 기렉토리를 UserDir 지시자로 지정 해준다. 먼저 default 로 되어 있는 UserDir disabled를 제거 하고 일반적으로 UserDir public_html 이라고 지정하고 나서 를 지정한다.
"DirectoryIndex" : 클라이언트가 웹서버에 대한 요청이 있을 때 클라이언트에 전달하는 html문서의 순서를 지정해 주는 지시자
"AccessFilleName" : 각 디렉토리에서 접근 제어 정보를 가지고 있는 파일명을 지정하는 지시자.


--보안--
기본적으로 파일이 생성되면 umask에 값을 뺀 값으로 퍼미션이 잡힌다. umask 명령어로 기본 umask 값을 볼수 있다(일반적으로 umak는 0022).
SUID,SGID 프로그램은 보안상 위험하다.
<참고>파일 권한 {'x'1:,'w':2,'r':4}, user,group,other 순, 4자 permission 구조 sticky bit(1000) : 모든 사용자가 쓰고 삭제 할수 있는 디렉토리를 의미, 파일구조 맨마지막에 t가 붙는다, SetGID(2000) : , SetUID(4000)
http://kin.naver.com/qna/detail.nhn?d1id=1&dirId=110&docId=64531886&qb=Y2htb2QgU2V0dWlk&enc=utf8&section=kin&rank=2&search_sort=0&spq=0&pid=g7VyQB331xwssZijnSKssv--138254&sid=TLsxtXIPu0wAAC2@F3g
find / -type f \( -perm -04000 -o -perm -02000 \) : SUID/SGID 프로그램 존재 확인 명령어
find / -perm -2 -print : 누구나 쓰기 가능한 world-writable 파일을 모두 찾는 명령어
find / -nouser - nogroup -print : 유저 권한이 없는 파일 검색
find / -name .rhosts -print : 원격 호스트 파일 (.rhost) 파일 검색. 이는 제거 하는것이 좋다.

charttr : 파일 속성을 변경해주는 유틸리티로 루트 자신도 파일을 변경하지 못하도록하는 것.
lastlog : /etc/passwd에 등록되어 있는 사용자의 최근 로그인 상황을 볼수 있다(자주 사용하지 않을 사용자가 로긴 되어있을 경우 크래킹을 의심).

Nmap : 포트 스캔 도구
yum list  : 설치된 패키지와 업데이트 가능한 패키지 보기
yum list installed <패키지 명> : 특정 패키지 설치 확인
yum list available 'somthing*' : yum 가능한 패키지 보기(somthing이란 이름이 들어간 패키지)
yum check-update : 업데이트 가능한 패키지 보기
yum install <패키지 명> : 패키지 설치
yum info <패키지 명> : 패키지 정보 알아보기

yum install nmap 으로 nmap 설치 이후 hanil 서버의 열린 포트를 알아본다
nmap -sS  
그뒤 특정 포트에 대한 설정을 iptable이용하여 하면 STATE 필드가 filtered로 변한다.

Snort : 네트워크를 통한 침입에 대한 탐지 및 경고를 시스템 관리자에게 알려주는 네트워크 침입 탐지 시스템으로 libpcap 라이브러리를 이용하여 네트워크상의 패킷과 설정 파일에서 정의된 룰에 의해서 침입 및 공격을 알려주는 도구.
yum install snort
/etc/snort/snort.conf 파일에 설정 내용이 들어 있다(var HOME_NET 로 설정).
외부에서 포트 스캔을 하거나 접근 시도가 있으면 /var/log/snort 에 기록이 남는다.

lastlog : 텔넷 접속으로 로그인한 사용자를 추적할때 사용하는 명령어로 /var/log/lastlog의 내용 출력
last : /var/log/wtmp 파일에 저장된 정보를 읽어 들여 로그인한 사용자의 정보를 출력 (last graphy21 : 특정 사용자 로그인 정보)
xferlog : FTP로 파일 전송 기록을 저장하는 파일 (more xferlog)
커널과 시스템에 관련된 로그 메시지들은 syslogd와 klogd 두개의 데몬에 의해서 /var/log/messages에 기록된다.

--SElinux (Security Enhanced Linux)--
a
--TCP/IP 네트워크 (iptable 설정)--
ㅁ

linux command

--send message in linux:
* 메세지 브로드캐스트

  wall 메세지

  ctrl+D

*개인에게 메세지 보내기

  write userid pts/number

  ctrl+d

--display cpu information:
cat proc/cpuinfo

--mail in linux (when sendmail server is running) : 
-check mail : mail
-writing mail :
mail graphy21@gmail.com
subject: something
something
.

2*(ctrl+c) mean cancel.
-writing mail by file : mail -s 'subject' graphy21@gmail.com < some_file.ext

--check running demon in kernel:
ps acx
-check zombi process & kill that:
ps axj # 'z' in STAT field in output mean zombi
kill -l # list of signal which can be send to process
kill [-signal number || signal] PID # example : kill -9 973