0.MBD-Seq에서 insert size를 어떻게 넣을 것인지. MEDIPS를 이용한다고 가정햇을때 single end 라면 insert size를 어떻게 판단할 것인지(spike in sample을 넣는등의 방법 고려), paired-end 라면 left read에다가 right read의 end position을 넣어서 마치 single end 데이터처럼 만들어서 extend 인자를 사용하지 않는식의 방법 고려.
1.MBD-Seq 할때 MEDIPS로 calibration curve를 그려서 CpG density dependency 체크해서 normalization 할지 결정.
2.MEDIPS 이용시 ROI 들을 정해서 biomart나 아니면 ucsc 에서 받아서 ROI 별 methylation level를 측정한다.
2.genome 상의 repeat region 을 어떻게 처리 할지 고려 : YH 논문에서는 local copy number 개념으로 접근해서 repeat region을 제거했고, 또 다른 논문에서는 아예 RepeatMasker로 genome 상의 repeat 부분을 mask 했다.
3.read duplication 제거
4.sampling curves for confirm read sufficiency
