perl을 한다고 한다고 하다가.. 안하다가.. 영건씨가 얼마전에 다녀온 nicem에서 한 ensembl api 워크샵 다녀오고 괜찮다길래.. 써볼려는 요량에 perl 개요만 읽어보고 사용해 보려한다.
기본적으로 ensembl api를 사용할려면 약간의 setting이 필요한데..
1. 우선 bioperl 설치
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unix
여기 나와 있듯이 cpan도 업글하고 뭐 이것저것 하는데 그냥 따라한다. 그리고 bioperl은 cpan을 이용해서 install
2. perlconsole 설치
http://sukria.net/perlconsole.html
python에 익숙한 나로는 잘 모르는 일을 할때는 interactive 창에서 한스텝마다 검사하는 습관이 있어서 아무래도 perl도 그런게 있지 않나 싶어서 찾은 것. 지금 사용하기론 부족함 없어 보인다.
3. ensembl api 설치
http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html
cpan으로 cpan>d /ensembl/ 하면 ensembl 관련 package가 나오는데 ensembl-bundle 이라는걸 깔았는데 ensembl api는 아닌듯. 그냥 위의 링크대로 하고 path만 잡아주면 문제없이 잘 되는 듯 하다.
4. 확인
perlconsole을 띄우고 use Bio::EnsEMBL::Registry; 라고 쳐보면.. 아무 에러 메시지 없으면 일단 성공한 걸로 보인다.
