Tuesday, June 7, 2011

sequence data feature table

아.. 이거 찾느라.. 몇십분 고생했다. 왜 이걸 찾았냐? location example 때문에.. 예전에 언뜻 genbank 파일 보다가 gene내지는 CDS의 location coordinates 의 표기가 이해가 안가서 인터넷 뒤지다가 나왔는데... 이번 bacteriophage annotation하는데 이런 표기법을 사용할 수 있나 해서 다시 인터넷를 뒤지게 됐네.. 여튼..


그럼 여기서 드는 의문점 한가지.. location example에서 보면 1..>888 같은 표기법도 가능한데.. 이는 유전자가 1번 base부터 시작해서 888 번 base이상으로 계속 되어 진다는 거다.. 그런다면 stop codon의 정확한 위치는 나타내지 않는다는건데.. 어떻게 이런 표현이 가능한건지.. 이는 NCBI에서부터 답변이 오면 다시 포스팅 하도록 하겠다.