Wednesday, November 10, 2010

blast+ 설치 뒤 DB 땜에 group관리

biopython에 빠져서 blast 모듈도 써볼려는 요량에 hanil 서버에다가 blast를 까는데...
어머.. blast가 변했다.. blast+라고 해서 기존의 blast를 c++를 이용해서 다시 만들고 뭐 이것저것 추가 한거 같은데.. 여튼 역시 프로그램 install은 피곤해.. 
이것 저것 알아보고 한 결과(사실 예전의 blast 까는거 보다 매우 쉽다.).
위의 사이트에 나온데로 하면 local하게 깔수 있고 아니면
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?CMD=Web&PAGE_TYPE=BlastDocs&DOC_TYPE=Download
root 계정에서 rpm -ivh으로 깔면 전부 사용가능하게 깔수 있고 주의 할점은 DB의 위치를 셋팅해햐 하는데 위 웹사이트 나온데요 home 디렉토리에 .ncbirc 를 만들고 db의 위치를 넣어주면 된다.

문제는 db 보통 customize db 아니라면 가장 많이 쓰는게 nr, nt인데(blast+ 패키지 안에 update_blastdb.pl 이용하면 편하게 download 가능) 이게 용량이 많은 관계로 한곳에다가 받아서 여러 사용자가 동시에 사용 가능하게 해야 하는데.. 그룹관리를 전혀 안해본 나로는.. 아.. 해봐야 하는 수 밖에 
위사이트가 그래도 좀 나와있다. 

그리고.. blast+가 blast 보다 나은점. blast+에서 blastn이 megablast로 되어있는데.. 이또한 기본 blastn과 다른점이 무엇인지 확인해 봐야겠네...... 

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