miRNA-seq

miRNA seq에 대한 분석을 리뷰 하기위해.. 다음과 같은 논문을 정리한다.


1.discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep (Nature computational biology 2008)
2.Current tools for the identification of miRNA genes and their targets (Nucleic Acids Research 2009)
3.miRTRAP, a computational method for the systematic identification of miRNAs from high throughput sequencing data (2010 Genome Biology)
4.DSAP: deep-sequencing small RNA analysis pipeline (2010 Nucleic Acids Research)


위의 1번 논문은 거의 NGS 데어터를 이용한 miRNA 분석의 초창기 논문으로 볼수 있으며
2번 논문의 경우 거의 computational prediction에 가까운 논문이고 3번은 전혀 들여가 보지 않았으며 4번의 경우 web-server로 최근에 나온 논문.


다른건 모르겠는데.. isomiRs를 찾기위한(?) alignment 및 multiple alignment에 대한 공부가 필요한 것 같다(한때 BSA 책 공부 할때 바짝 up 됐었는데...).




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