ensembl api setting

perl을 한다고 한다고 하다가.. 안하다가.. 영건씨가 얼마전에 다녀온 nicem에서 한 ensembl api  워크샵 다녀오고 괜찮다길래.. 써볼려는 요량에 perl 개요만 읽어보고 사용해 보려한다.
기본적으로 ensembl api를 사용할려면 약간의 setting이 필요한데.. 


1. 우선 bioperl 설치
http://www.bioperl.org/wiki/Installing_Bioperl_for_Unix
여기 나와 있듯이 cpan도 업글하고 뭐 이것저것 하는데 그냥 따라한다. 그리고 bioperl은 cpan을 이용해서 install


2. perlconsole 설치
http://sukria.net/perlconsole.html
python에 익숙한 나로는 잘 모르는 일을 할때는 interactive 창에서 한스텝마다 검사하는 습관이 있어서 아무래도 perl도 그런게 있지 않나 싶어서 찾은 것. 지금 사용하기론 부족함 없어 보인다.


3. ensembl api 설치
http://www.ensembl.org/info/docs/api/api_installation.html
cpan으로 cpan>d /ensembl/ 하면 ensembl 관련 package가 나오는데 ensembl-bundle 이라는걸 깔았는데 ensembl api는 아닌듯. 그냥 위의 링크대로 하고 path만 잡아주면 문제없이 잘 되는 듯 하다.


4. 확인
perlconsole을 띄우고 use Bio::EnsEMBL::Registry; 라고 쳐보면.. 아무 에러 메시지 없으면 일단 성공한 걸로 보인다.

python somthing

memory와 cpu 를 monitoring 하는 방법을 찾다가 
ps명령어를 subprocess module의 popen을 이용해서 사용하는 프로그램 발견
http://stackoverflow.com/questions/276052/how-to-get-current-cpu-and-ram-usage-in-python


그 뒤 아예 누군가 만들어놓은 psutil 모듈
http://code.google.com/p/psutil/


그리고 예전부터 궁금했던 teminal control을 위한 글 
http://nadiana.com/python-curses-terminal-controller


사실 이는 stdout에서 어떻게 overwrite 하는지 찾다가 나온건데..
sys 모듈의 sys.stdout.write()과 \r (carrige return) 과 sys.stdout.flush()를 이용하면 된다.
너무 적은 내용은 버퍼에 있기 때문에 sys.stdout.flush()를 사용하지 않으면 출력이 먼저 되지 않는다. 사실 생각해보면 sys.stdout.write를 사용하지 않고 print를 사용해도 된다. 다만 "," 를 붙여서 사용하면 동일하다. 그리고 ","를 붙이면 바로 출력이 되는 것이 아니라 buffer에 들어 가기 때문에 이 역시 stdout.flush를 호출해야 한다.

ActivePython, Tkinter

Tkinter 모듈? 인터페이스? 아직 정체를 잘모르겠다. 책을 하나 샀는데 python and tkinter programming이라고..앞에 1부가 전체적인 것을 보는것 같은데 솔직히 책이 해석에 초점을 맞춰서.. 영 뭔소린지.. 아직 그정도의 백그라운드가 내가 없는듯. 여튼 따라 할려니까 Tkinter 모듈을 import 해야 한다. 헉.. 안된다. 대충 보아하니 tcl이라는 스크립트 언어를 python으로 이용하게 하는 모듈인거 같은데 그래서 tcl과 tk를 설치 했다. 헉 그래도 안된다. 근데 최근 버젼의 python에는 원래 들어가 있다고 한다. 서버 python이 2.6 버젼인데 왜 없는거냐고.. 해서 다시 깔려고 한다. 그런데 ActivePython이 많이 언급됨을 본다. 그래서 ActivePython을 설치(아직 정확히 그냥 python이랑 activepython이랑 뭐가 다른지는 모르겠다). 여튼 아래 url (http://www.activestate.com/activepython/downloads) 에서 다운 받아서 설치. 아.. 그런데 왠걸 이거 왠지 fancy하다. easy-install도 잘돌아가고 sys.path도 잘 잡혀 있어서 easy-install로 깔는게 지금 돌리는 버젼에 맞게 모듈이 설치된다. 그리고 tkinter 역시 기본적으로 들어 있다. 좋다. 이 책은 다 볼 생각은 없고 목표한 바. 그러니까 버튼 몇개 만들고 그거에 맞춰서 특정 프로그램이 돌아가는 스크립트 하나 만들어 보고 치울 생각이다. 이거 보니 예전 visual c++인가 그걸로 네이버 접속해서 블로그웹페이지 소스 글어다가  wma 파일 url 알아내가지고 음악 다운 받았던 프로그램 짯던 것이 생각난다. 어느 순간 네이버에서 음악 파일을 쪼내 놓는 바람에 버려졌지만.

뇌를 자극하는 프로그래밍 원리

예전에 한번 link programming to hardware라는 제목으로 포스팅을 한적이 있는데 그 때 cpu는 어떻게 구성되어 있는지 궁금해서 한 블로그의 글을 본 기억이 있다. 캐쉬 메모리랑, os에 대한 내용이 대략적으로 나오기에 산 책. 프로그래밍을 하는데 그 소스가 돌아가는 컴퓨터는 어떻게 되어있고 또 그 하드웨어는 프로그램에서 어떻게 이용되는지 알고 싶을 때 보면 좋은 책 같다. 저자의 말처럼 자동차를 운전할때 자동차에 대해 조금이라도 알고 운전 하는거랑 그냥 운전만 하는거랑은 차이가 있는 것처럼 하드웨어적인걸 알고 프로그래밍을 하는게 머리속에 그려지는게 더 명확하지 않을까 한다.


한 반절 본거 같은데 좋은 책인거 같다. 프로그래밍을 할때 변수를 잡고 수를 대입하고 연산하고 함수를 만들고 하는것들이 어셈블리어로는 어떤식으로 변하고 그리고 이것이 인스트럭션으로는 어떻게 되고 그래서 cpu회로에서는 어떤식으로 돌아가는 정리해놨다. 그렇기에 1부에서는 cpu의 회로에 대한 대략적인 내용을 그리고 2부에서는 이 기초를 바탕으로 C언어가 어떻게 돌아가게 되는것인지 마지막 3부에서는 os 에대한 내용이 나온다.

chapter 13 (다양한 입출력 함수들)

-send & recv 입출력 함수-
리눅스에서의 send & recv
MSG_OOB : 긴급 메시지의 전송
Urgent mode의 동작원리
입력버퍼 검사하기
-readv & writev 입출력 함수-
readv & writev 함수의 사용

install yum

flx analysis 서버에 biopython이 없어서 깔려고 하는데 easy_install도 없고 yum도 없다. 그래서 전부 다 깔아놔야해서..


yum 깔기 : 
http://techtrouts.com/how-to-install-yum-on-red-hat-enterprise-linux-4/
easy_install 깔기 : 
http://www.question-defense.com/2009/03/16/install-easy_install-via-yum-on-linux-centos-server
biopython 깔기 :
http://www.biopython.org/DIST/docs/install/Installation.html


정리하자면 yum 깔려면 5가지정도의 rpm 패키지를 깐다음에 yum 깔고 update하면 yum 사용가능하고  easy_install 깔려면  yum으로 python-setuptools를 까면되고 그러고 나서 easy_install을 이용해서 biopython을 깐다. 주의 해야 할것은.. python 버젼 확인해야 한다. 보통 biopython은 2.4 이상에서 도는데 위의 것을 python 버젼의 고려 없이 깔고 나면 예전버젼에 다 깔린다. 아.. 2.3 어떻게 제거하지..
그래서 다시 python2.6 버젼에 맞게 easy_install을 깔려면 
http://pypi.python.org/pypi/setuptools 을 참고하는데 여기서 아래 python version 2.6에 맞는 egg를 받아서 prefix로 정확하게 깐다.

파이썬 문서고

TCP/IP 소켓 프로그래밍 책을 보다가 너무 지겨워서.. 웹 서핑.. 그러다가 음.. python의 실력을 늘리기 위한 책 없을까라고 뒤지다가 찾게된 사이트. 보아하니 파이썬을 잘 아는 이가 원서를 번역한 사이트인듯. 요즘 느끼는게.. 내가 영어 진짜 못한다다. 아.. 아무리 책이 쉽게 씌여 있어도 한글로 된 책 읽느니만 못하다. 아쉽다. 원서를 읽으면 속도가 한참 반감되는 내자신이. 여튼 한풀이는 이정도로 하고 목표는 틈나는 대로 아래 사이트 뒤적 거리고 한 강좌씩 읽기다.
http://coreapython.hosting.paran.com/pygnudoc.html

예전에 찾은 것인데 이것도 혹시나 해서 붙여 놓는다 
django 설명
http://www.hannal.net/think/01-python_django_lecture/