STR (short tandem repeat)

갑자기 뜬금없이 STR에 대해 조사하게 되었다. 원래 모르던 거니 알아보면서 정리 해보자.


STR이 뭐냐? 위키에 따르면 두개 이상의 nucleotide가 연속적으로 반복되어 있는것. 보통 non-coding intron에서 나타난단다. STRP (STR Polymorphism)은 사람마다 STR loci에 repeat의 수가 다름으로서 생기는 다형성. 법의학적으로 굉장히 많이 사용된단다. 


여기까지만 하고 DB부터 검색해 보자.
구글부터 검색을 해보자면.. 여러개 나온다. ATCC, YHRD, ENFSI, STRBase. STRBase가 웹페이지는 허접해 보이나 왠지 좀 academic 해 보이는 관계로 이걸 위주로 보겠다.


STRBase의 DB논문은 2001년에 NAR에 나왔다. 이 DB는 NIST(National Institute of Standards and Technology)에서 관리하는 DB로 뭐 STR DNA marker, 관련 논문 정리, 관련 연구 기관, STR multiplex kits 등 STR 과 관련된 정보는 다 모아놓은 DB라고 할 수 있겠다. 여기까지가 abstract 내용이고 


STRBase에서 제공하는 intro를 보자면 forensic DNA typing의 역사서 부터 시작해서 어떤 케이스에 STR이 사용되는지 실험kit, 기계, base call signal, 등등 아주 간략하게 그림만 나와있는데 마지막 슬라이드가 흥미롭다. CODIS(COmbined Dna Index System)라고 FBI의 DB가 있단다. 아래 그림에 나와있는 13 개의 dna loci 에 대해 법의학적으로 DNA profiling을 한다고 한다. 

아 근데 이게 좀.. 음 STR이 microsatellite의 하나인 것 같은데.. 위키에서도 보면 두 개의 정의가 merge하도록 suggestion 되어 있고 다음 pdf를 봐도 microsatellite = STS + STR로 되어 있다. 음.. 나와 같은 고민을 한사람이 있었다. 여기 참조뭐.. 여튼


여기까지가 대충 한번 훑어 본거고. 그럼 내가 알아봐야 하는건 무엇인가. 이 STR의 길이의 variation과 maximum length. 음 근데 이거 STRBase에 잘 나와있다. 특히나 cat, dog, cattle의 경우 굉장히 편리하게 table로 정리해놨다. 음.. 사이즈가 대략 maximum 몇백 하는군..


하지만 내가 궁극적으로 찾아야 하는건 뭐냐. 식물에서의 STR. googling 하자마자 나온게 재밌게도 대마초의 STR에 관한 논문. STR이 법의학적으로 사용이 많이 되서 그런지 내가 찾아보면서 본 논문들은 거의 Forensic Science International 에서 나온 듯. abstract를 보자면 93개의 대마를 5개의 STR marker 로 profiling 했단다. 이 5 loci 에서 총 79 개의 allele이 확인됐다.  그담에 AMOVA로 genetic variation을 찾고 fibre crop accession과 drug accession의 variation이 어떻고 뭐하고 뭐한다는데.. 뭐래는 건지 모르겠다(결론은 drug종과 fibre종간의 차이를 확실하게 구분짓지는 못하나 drug 종간에는 사용할만하다 뭐 이런거 같은). 여튼 확인하고자 하는 건 STR의 maximum length. 아래 표가 그것을 의미하는게 아닐까 한다. 얼추 2~300 정도 하는거 같네.

그 다음에 드는 생각이 대마도 있는데 arabidopsis는 없을까? 역시 없을리 없다. 다음 논문을 보자(그닥 최신건 아닌데.. 아마도 다른 논문이 더 있지 않을까 싶지만..). 


어이쿠야.. 인삼에 관한 것도 있다. 중국애들이 낸 논문인데 2개의 microsatellite loci(CT 12, CA 33) 에 대해 동양의 ginseng과 미국거랑 different allele pattern을 보인단다. 뭐 여튼 난 알고 싶은건 길이니까. 아래 표를 참고하자.