영건씨랑 이야기 하다 좀더 정리가 된거 같아서 관련 내용을 기록한다.
목표 : methylation의 evolution의 경향
기존의 논문은 dna sequence로 phylogeny tree를 만들고 그걸 기준으로 methylation pattern을 정리 한다. 정해진 트리에 맞춰서 transposon (repeat sequence) 과 genebody (혹은 exon과 intron 부위를 나눠서) methylation pattern(여러종을 보기때문에 CpG 뿐만 아니라 CHH등)을 보고 DNMT의 homologue 의 존재 여부와 연관을 지어 phylogeny의 어느 branch는 어떤 시퀀스(CG나 CHH)가 많이 methylation되어 있고 어느 부분은 그렇지 않다라는 식으로 정리한다.
우리는 아예 phylogeny를 methylation이 들어간 정보로 새로히 그려보고자 한다. 그리고 그 tree를 그리기 위한 genomic region을 크게 gene body 와 transposon으로 나누고 두 영역으로 그린 tree가 같은가를 본다.
FFP를 선택한 이유에 대해서는 기존의 multiple alignment를 통한 phylogeny tree를 그리는 것은 homology가 있는 시퀀스를 선택해서 그려야 하는데(특정 부위에 의한 biased가 있는게 아닐까 생각한다) 이러한 제약이 없다.
