Galaxy

삼성의 핸드폰 galaxy말고 large-scale genome analysis의 분석을 위한 platform인 galaxy. 논문은 여기. 사이트는 요기. genome 관련 데이터 분석을 총망라한 사이트. 몇달전에 함 보고 vod 몇개 보다가 그냥 넘겼는데.. 회사 박사님께서 기분이 상하시는 바람에 요약 보고서를 만들어야 한다. 뭐.. 맘에 안드는 점도 있지만.. 회사기 때문에 시키는거 제대로 하는게 내 일이기에.. 글고 뭐 알아봐서 남주는 것도 아니고 이미 많은 논문에서 citation 하기에 알아야 하는 사항인지라.. 즐거운 맘으로 정리 해보자. 대략적으로다가..


사실 홍창범씨(?.. 성함이 맞나 모르겠네.. 이 분 블로그 보면 참 깊다는 생각이 든다. 같이 일하면서 배워보고 싶은 분) 블로그에 잘 나와있는데.. 이것만 봐도 대략 보고서 나온다. 아마도 홍창범씨 블로그 내용이 galaxy screencast의 내용이 아닌가 싶다. 이 VOD에 이미 설명이 충분히 잘 되어 있기에.. 원래는  구구절절하게 내용을 쓸려 했는데 그냥 여기서 접을련다. 나중에 metagenome 분석 부분만 좀 깊게 review를 해볼련다. 끝.


아 하나 더 Galaxy 모듈 중에 큰 항목이 RGenetics가 있는데 이게 뭔지 아직 정확히 모르겠으나 그 tutorial은 여기.

SMASHCommunity

저번 포스팅에 리뷰 했던 논문(enterotypes of human gut microbiome) 쓴 사람들이 만든 metagenome pipeline인 SMASHCommunity. 네이쳐에 나온 논문을 보면.. 아.. 정말 잘했구나라는 생각밖에 안든다(사실 아직 다 읽진 않았다.. 이런 게으름.. 항상 이런식이다.. 상흠 선배 말투가 떠오르는군). 우린 갈길이 멀었구나..




일단 bioinformatics에 나온 논문부터 요약하자면
SMASH는 sanger나 454 read를 분석하기 위한 standalone 프로그램. metagenome pipeline이 없는것은 아니지만(CAMERA, IMG/M, MG-RAST 등) web-server이거나 아니면 단순 read count를 세는 정도라 한다(참고로 네이쳐 논문의 메소드를 보게되면 read count를 그냥 쓰는 것이 아니라 gDNA의 경우 genome size로 나누고 rRNA의 경우 genome 상의 16s rRNA의 copy수로 나눠서 계산한다). 그 밖에 취약점들을 있는데 생략한다.