SMASHCommunity

저번 포스팅에 리뷰 했던 논문(enterotypes of human gut microbiome) 쓴 사람들이 만든 metagenome pipeline인 SMASHCommunity. 네이쳐에 나온 논문을 보면.. 아.. 정말 잘했구나라는 생각밖에 안든다(사실 아직 다 읽진 않았다.. 이런 게으름.. 항상 이런식이다.. 상흠 선배 말투가 떠오르는군). 우린 갈길이 멀었구나..




일단 bioinformatics에 나온 논문부터 요약하자면
SMASH는 sanger나 454 read를 분석하기 위한 standalone 프로그램. metagenome pipeline이 없는것은 아니지만(CAMERA, IMG/M, MG-RAST 등) web-server이거나 아니면 단순 read count를 세는 정도라 한다(참고로 네이쳐 논문의 메소드를 보게되면 read count를 그냥 쓰는 것이 아니라 gDNA의 경우 genome size로 나누고 rRNA의 경우 genome 상의 16s rRNA의 copy수로 나눠서 계산한다). 그 밖에 취약점들을 있는데 생략한다.