bowtie option

bowtie aligner option을 번역해 놓는다. 한번 훑을 겸 해서.


The bowtie aligner

• -v/-n/-e/-l (-I/-X/--fr/--rf/--ff 옵션은 paired end를 위한 것)  옵션:  alignment의 기준이 되는 옵션
• -k/-a/-m/-M/--best/--strata는 위 기준을 통과한 alignment에서 report을 얼마만큼 할것인지를 정하는 옵션

예로 이해하는 option

• -n 2 -l 28 -e 70 : read의 왼쪽에서 28bp까지 2까지 mismatch가 허용되고 mismatch 된 bp의 phred quality score의 합이 70을 넘지 말아야 한다(n은 seed에서의 mismatch 갯수, l은 seed의 길이). 만약 위와 같은 케이스가 많을 경우 mismatch가 적은 것이 첫번째 기준이 되고 두번째는 mismatch의 phred score 값이 적은 것이 기준이 된다.
• -v 는 quality value는 무시한채로 전체 read에서의 mismatch 허용 갯수를 지정하는 옵션. -n과는 상호 배타적.
• ./bowtie -a -v 2 e_coli --suppress 1,5,6,7 -c ATCGCGA : -v옵션으로 read 전체에서 2개까지의 mismatch를 허용했고  --suppress 옵션으로 output의 1,5,6,7 컬럼을 나타내지 못하도록 했고 -a 옵션으로 -v 기준을 통과하는 모든 output을 report 하게 한다.
• -k 3 : 결과에서 아무거나 3개를 출력하게 한다 default 가 -k 1.
• -a --best : 전체 결과를 출력하는데 위에서 말한 기준대로 alignment 좋은 순서대로 출력
• --strata 는 -n 옵션일 때 seed에서의 mismatch가 기준이 되고 -v일때는 전체 read에서 mismatch가 기준이 되서 계층을 나눈다. 
• -a --best --strata 하면 전체에서 alignment 좋은 순서대로 나열해서 첫번째 계층에 있는 alignment 만 출력. strata를 쓸려면 best가 명시 되어야 한다.
• -a -m 3 : 출력이 3개를 넘어가면 그 결과는 출력되지 않는다. -m 은 unique를 찾을때 쓰기 좋다.
• -a -m 1 --best --strata : 전체 결과를 좋은 순서대로 나열한 뒤에 첫번째 계층의 결과만 출력하는데 그 수가 1을 넘지 않아야 한다. weaker form of uniqueness
• -a -m 1 : strong form of uniqueness
• -I 60 -X 100 --fr 
• paired-end alignment 에서는 --strata랑 --best는 허용되지 않는다.

bowtie -I 157 -X 257 --fr -p 3 --chunkmbs 500 -m 10 --max maxRead --un unmappedRead  --solexa1.3-quals ../total_cdHit/ref/total_cdHit_1.0 -1 result_trim_1.filtered -2 result_trim_2.filtered > bowtie.result

# paired end data를 돌릴때 명령어. -m을 10으로 했다는 건 align했을때 candidate 가 10개 넘어가면 그 read는 maxRead 파일에다가 기록하고 mapping이 안된 read는 unmappedRead 파일에 기록한다. paired end mapping 시 insert size는 최소 157보다 크고 257 보다는 작은 것만 추린다. thread는 3개를 만들어서 parallel 하게 돌리고 각 thread마다 500mb 의 메모리를 할당한다.