RNA-seq 에 관한 이것 저것

<expression unit> 
RPKM : reads per kilobase of transcript per million of sequenced read
FPKM : expected fragments per kilobase of transcript per million fragments sequenced


음.. 정확한 개념은 ERANGE 논문과 Cufflinks 논문을 참조하면 된다. 


간단한 intro는 Cufflinks 논문 intro에 잘 나와있는데.. RPKM이라는 개념이 gene 단위 레벨에서의 expression unit으로 생각한다면 FPKM은 transcript 단위에서의(하나의 gene에서도 여러 isoform의 transcript가 존재 가능) expression unit으로 생각하면 된다.


내가 여기서 이해가 안갔던 단어가 fragment인데.. 이건 뭐냐면 RPKM은 read 하나하나에 의미를 두는데 반해 FPKM은 paired-read의 한 쌍이 fragment를 의미한다 (별거 아닌건데..). 


자세한 내용은 cufflinks 논문의 supplementary 데이터에 나오는데.. 이해 되면 다시 정리 하도록 하련다.




참고로 KOBIC에서도 NEUMA 라고 NAR에 논문을 낸게 있는데 이것도 보면 좋을듯. 이것 역시 정리되면 다시 올린기로 한다.


<bias> 
EMBL의 자료를 보면 strand를 정보를 살리기 위한 두가지 방법과 그냥 strand를 안살리고 한거랑 tiling array로 비교한 그림이 있는데 bias가 상당하다. random hexamer bias도 있고.. 관련 자료를 좀 훑어봐야 할듯.