submission of genome - 3

아직 NCBI에 submit 하는걸 완벽히 다 안거는 아니지만(특히 sequin 프로그램 사용법이 아직 약하다) 이번에는 journal of bacteriology 의 genome announcement 에 대해 좀 자세히 알아 보고 거기에 나온 논문 두개 정도 읽어보면서 어떤 내용을 넣어야 할지 정해보려 한다.


일단 뭔가를 읽기 전에 checklist를 생각해보자면..
1. 반드시 NCBI 등이 데이터베이스에 등록이 된 genome만 publish가 가능한가 확인
2. 500 words 안으로 써야 하는데 어떤걸 써야 하는가
3. annotation의 reference를 어떻게 처리 했나?




<genome announcement 논문 훓어보기>
뭐 어떤 균주냐 이런건 안 중요하고 
review 첫번째 논문
1.균주에 대한 intro: genus부터 소개, 왜 중요한지, source가 어딘지, 어떤 특성을 갖는지 등등
2.de novo assembly 전체적인 소개 및 annotation 방식 소개: 무슨 기계로 얼마만큼의 데이터를 만들어 냈는지 그리고 assembler로 뭘 썻는지,  CRITICA와 glimmer2를 이용해서 cds를 prediction했고, 그담이 이해가 안가는데 GO로 분류했고 상용 프로그램인 뭐를 썻다네.
3.genome에 대한 overview : 게놈 사이즈가 어떤지, ORF 갯수, 그리고 같은 genus 의 다른 species와의 길이 및 orf 갯수 비교. GC content.
4.orf annotation에 대한 overview : nr,cog blast 결과 보고. 다른 species에 없는 기능을 하는 유전자 소개


review 두번째 논문 
1.균주에 대한 intro : 이 균주는 beneficial 한 균주다 뭐 이런 내용.
2.또 균주 소개
3.시퀀싱 방법과 annotation 에 대한 내용: 이거 특이하게도 AB3700 DNA analyzer를 이용했다. 물론 solexa로 confirm을 하긴 했지만. 여튼 Yacop으로 orf  prediction했고 Uniprot, COG, KEGG, TIGRFAMs을 이용해 annotation했단다.
4.genome 에 대한 설명 : genome size, GC content, structural RNA 갯수, 몇개의 유전자가 putative function이 있는지, 


음 보아하니 유전자에 대한 comment 가 있어야 할 듯 하다. 다른 species와의 비교로 어떤 유전자가 더 있었다 이정도.. 


<genome announcement 논문 들어가야 할 list>
실험 방식(FLX+ sanger 3730), FLX 데이터 양(read, depth, paired-end), de novo assembler(GS De Novo Assembler version), 첫 de novo assembly 했을시 scaffold 갯수 및 양, sanger 3730으로 gap closing 시 read 양과 bp 길이, 어떤 프로그램 (phred/phrap/consed), annotation tool(glimmer3, rnammer, trnascan,) 및 방식(nr blastp, cog rpsblast, signalp, pfam) 




reference list도 10~15 개 정도로 하고, 쓸데 없는 말은 전부 배제하기로 한다. 논문 본연의 목적에 맞게 쓰도록 한다. 딱 지금 한 것만 쓰자.