RNA-seq analysis overview

after finishing ChIP-seq analysis overview, for next presentation, I will prepare mRNA-seq. this consists of one review paper and two articles. I will be back

the list of papers which are presented in this post.

1. Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies
2. Mapping and quantifying mammalian transcriptome by RNA-seq
3. Dynamic transcriptomes during neural differentiation of human embryonic stem cells reveals by short, long, and paired-end sequencing

 I finally made PPT.

ChIP-seq analysis overview

I already reviewed some papers and set up the pipeline for analysis of ChIP-Seq.
I just hope this website for uploading ppt or other file.

anyway I will post this later

I found that. keke I am an idiot. just use hyperlink. that's all. no.no... for link that should be in web. one of way to solve this problem is use google site. upload file in google site and link that web site in this blog. I don't why blogger didn't make button for uploading data. or I couldn't find the button.

anyway.

Here is PPT for this posting.

The list of papers which are presented in this ppt.

1. Computation for ChIP-seq and RNA-seq studies
2. PeakSeq enables systematic scoring of ChIP-seq experiments relative to controls

q value

I always forget the concept of q value.
several month ago I found web site with good explanation of q value. but I cannot remember that site, so in this post I record the track for understanding q value.

how to interpret q value
http://www.nonlinear.com/support/progenesis/samespots/faq/pq-values.aspx


how to calculate q value
http://courses.ttu.edu/isqs6348-westfall/images/6348/BonHolmBenHoch.htm

velvet VS newbler

To make sure which perform more accurately, I tested two programs in two strategies. Actually the reason why I did do this test is that most of people in my firm say that for de novo assembly FLX is much more suitable than solexa without any evidence. So I decided to test two system, but there is no real data which I can use, so I just do simulation test of the two program which is representative for each system.  

Both of them, velvet and newbler are used for de novo assembly. In case of velvet, by using De Bruijn graph methodology It carry out short read assembly with data from solexa, solid. On the other hand, newbler is software from Roche, FLX and it is based on overlap layout consensus methodology (for seeing about the algorithm refer http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20211242).

I will compare the results from both program in two strategies. All of read data in these tests are simulation data which were made from reference genome by computational simulation.

First, velvet with paired-end read of which length is 78 bp  and insert size is 300. newbler with single read of which length is 300 bp.

second, in case of velvet from first test adding long insert library with same condition

stubborness

나이가 먹어가면서 느끼는.. 살아가면서 꼭 필요한 요소가 긍정, 열정, 완고함이라고 생각한다.
긍정의 요소가 있어가 어떠한 일에 대해 가능성을 느낄수 있고 열정의 요소가 있어야 그 가능성을 찾으려는 의지가 생기고 완고함이 있어야 발견한 가능성을 실현 할수 있는것 같다.
꼭 필요하다고 느끼는 이 세가지 모두는 내게 그리 많이 주어지지 않았다. 특히나 이번엔 완고함에 대해 이야기 하고자 한다. 머리속에서 지워지지 않은 일이 있으므로..

완고함이라 함은 어찌보면 의지이기도 하고 믿음이기도 하다. 내가 원하는걸 해낼거라는 의지이자 내가 하는 일이 옳은 일이라고 생각하는 믿음.

어제 일이다. 하루종일 까페에 앉아서 내가 원하는 공부를 하고 내가 원하는 논문을 읽고 나름 보람찬 하루를 보낸 후, 늦은 저녁에 여자 친구와 함께 여자 친구의 친구와 여자 친구의 친구의 새로 만나는 남자를 만났다. 나와 동갑의 그는 상대 여자와 만남 초기이기에 나름 신경쓴 옷차림에 크라이슬러를 끌고 우리를 맞이했다. 음 크라이슬러.. 들어보니 집에 팬션도 있고 사는 집 아이 같다. 아버지가 건축업에서 일한다고 하니.. 음..

오늘 아침부터 일이 손에 잡히지 않는다. 나름 미래 지향적이고 물질적인 것에 많이 연연하지 않는다고 생각했는데 역시나 마찬가지다. 크라이슬러만 생각난다. 내 나름 열심히 살았다고 생각하고 여지껏 걸어온 길의 대부분에 자신감이 있었는데 내 믿음이 흔들린다. 내가 지금 하는 일이 보잘 것 없어보이며 내가 일궈낸(물론 개뿔없지만) 경력들이 의미 없어보인다. 크라이슬러 하나에. ㅋ

몇일전 미국으로 유학은 가는 회사동료가 회식자리에 왔었다. 그때 내 옆에 멍청한 부서장이 나에게 저친구 유학가는거 부럽지 않냐고 물었다. 부럽다라.. 유학을 가는게 부럽냐라니.. 멍청한 질문이다. 예전부터 그 유학가는 회사 동료와 대화를 나눌 때부터 부럽고 부끄러운 점이 있었다. 그는 진정 완고함을 지녔다. 자신의 일에 대해 깊은 믿음을 가지고 있었고 어떠한 망설임이나 선택에 대한 걱정따윈 없는듯 보이는 그 모습. 난 그의 그 모습이 부러웠다. 그 완고함을 가지고 있는것. 그런 정도의 완고함이라면 비록 지금 바닥에 있더라도 결코 그 어느 누구도 부럽지 않고 내 자신의 일 하나하나에 즐거움을 느낄 것이라고 생각된다.

내가 정확하게 유학, 박사를 하겠다는 말을 못하는 이유도 이와 같은 것이 아닐까 한다. 아직 그 완고함이 부족하다. 내겐. 더 깊은 열망과 완고함을 위해 더 진하게 살도록 하겠다.

chapter 5 (TCP 기반 서버 / 클라이언트 2)

앞에서 구현한 TCP 서버/ 클라이언트는 프로그래밍 관점에서만 공부한 것이다. 이는 TCP의 동작 방식을 고려 하지 않았는데 이번장을 통해 TCP의 이론적인 부분을 이해한다.

-에코 클라이언트의 완벽 구현-


왼쪽 echo_client.c를 보면 45~46의 코드를 보면 "read, write 함수가 호출될 때마다 문자열 단위로 실제 입출력이 이뤄진다"는 잘못된 가정이 있는 것을 알수 있다. 그러나 TCP는 연결 지향형으로 전송 데이터의 경계가 없다. 그렇기 때문에 한 데이터를 서버가 두 패킷에 나눠 보낼수도 있고 여러 문자열이 한 패킷에 올 수도 있다. 이 문제를 아래 echo_client2.c 에서 보듯이 write로 전송한 문자열의 길이만큰 read로 읽을때까지 반복하면 해결된다.


에코 클라이언트 이외의 경우에는? 에플리케이션 프로토콜의 정의 : 위의 경우는 수신할 데이터의 크기를 알 경우지만 일반적으로는 그렇지 않다. 이럴 때 필요한것이 어플리케이션 프로토콜.
어플리케이션 프로토콜이란? 클라이언트의 구현과정에서 만들어지는 약속

-TCP의 이론적인 이야기-
TCP 소켓의 생성에서 소멸과정을 크게 3단계로 나눌수 있다.
1.상대 소켓과의 연결 : Three-way handshaking (3번의 shaking에 걸쳐서 이루어진다. 호스트 A가 접속하고자 하는 호스트 B에 패킷을 보내고 B에서는 받은 패킷을 확인하면서 새로운 패킷을 보내고 다시 A가 B에서 온 패킷을 확인하는 과정)
2.상대 소켓과의 데이터 송수신 :
3.상대 소켓과의 연결 종료 : Four-way handshaking으로 호스트 A가 연결을 끊기 위한 패킷을 보내면 호스트 B에서 응답 패킷을 보내고 B에서 다시 한번 종료 패킷을 보내면 A에서는 그 패킷을 보고 연결을 종료한다.

6th DNA base, 5-hydroxymethylcytosine

http://www.genomeweb.com/rockefeller-researchers-identify-sixth-nucleotide

Today I found the article above and new epigenetic factor, 5-hydroxymethylcytosine. I am always so late.