GWAS 란?
다음을 요약해보면..
일단 GWAS는 genome wide association study의 약자. 뭔말인고 하니 genome wide 하게 association study를 한다는 의미. 이건 또 무슨 말인고 하니 genome wide 하게 DNA를 관측하고 이 DNA의 차이 혹은 변화를 질병과 같은 변수와 연관지여 연구를 한다는 의미.
사람의 genome은 서로 99.9%가 동일하다. 그래서 차이는 거의 없을 거고 이 차이가 나름 중요한 역할을 할거다(질병이라던지 관련해서). 그럼 이 개인간의 차이 즉 common SNP은 몇개나 있을까? 10 million쯤 있을거라 생각되고.. 그럼 GWAS를 연구할려면 이 10M SNP를 다 detecting 해야 하냐? 아니다. 과학자들이 HapMap project라는 것을 진행해서 SNP의 조합인 haplotype들을 찾아놨기 때문에 돈은 많이 싸졌다. 물론 요즘 NGS 값이 워낙 싸서 더 싸졌다.
그럼 어떤식으로 GWAS를 진행할까?
많은 다수 그러니까 수천명 규모에서 수만명까지 특정 질병군(case)와 일반군(control)의 사람이 필요하고(이때 confounding factor인 성, 종족등을 통일(?)시킨다)
1.각각의 사람을 genotyping 한다. 그러니까 SNP를 찾는다.
2.quality control of genotype data.
3.genotype과 phenotype간의 통계적으로 연관이 있는지 확인. chi-squared 같은 걸 이용
4.연관된 주변의 추가적인 SNP의 genotyp으로 fine mapping of association signal. 그니까 3번 step에서 유의하다고 생각되는 snp 주변의 SNP들을 추가적으로 genotyping 해서 haplotype을 경험적으로다가 만들어 낸다.
5.그 담에 다른 집단에다가 적용. 이땐 지정된 SNP로다가만 testing 한다.
6.biological validation
GWAS tools
많다. CRAN 의 task view의 genetics에서도 보면 GWAS를 할 수 있는 많은 package를 소개한다. 또한 broad institute 에서 만든 PLINK도 많이 사용한다.
Tuesday, October 11, 2011
Monday, October 10, 2011
Friday, October 7, 2011
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